เดิมพื้นที่ที่เป็นอำเภอเบตงขึ้นอยู่กับเมืองรามันซึ่งเป็น 1 ใน 7 หัวเมืองของมณฑลปัตตานี ต่อมาในปี พ.ศ. 2411 ได้ตั้งขึ้นเป็นอำเภอ ชื่อว่า อำเภอยะรม (ตั้งอยู่บ้านฮางุส หมู่ที่ 1 ตำบลเบตง) แบ่งการปกครองออกเป็น 6 ตำบล คือ ตำบลเบตง ตำบลยะรม ตำบลอิตำ ตำบลโกรเน ตำบลบาโลน และตำบลเซะ (โกร๊ะ)

ต่อมาในปี พ.ศ. 2442 จากผลการปักปันแดนระหว่างไทยกับมลายา (อาณานิคมของอังกฤษ) เป็นเหตุให้ตำบลอิตำ ตำบลโกรเน ตำบลบาโลน และตำบลเซะ (โกร๊ะ) รวม 4 ตำบล ถูกตัดออกจากอำเภอยะรมไปรวมอยู่กับรัฐเประในมลายา อำเภอยะรมจึงเหลือการปกครองอยู่เพียง 2 ตำบล คือ ตำบลเบตงและตำบลยะรม ต่อมาได้มีการจัดตั้งตำบลอัยเยอร์เวงและตำบลฮาลา ซึ่งจากหลักฐานปรากฏว่า มีตำบลอัยเยอร์เวงในปี พ.ศ. 2462 และมีตำบลฮาลาในปี พ.ศ. 2486

ต่อมาอีก 21 ปี ในปี พ.ศ. 2473 สมัยที่พระพิชิตบัญชาการเป็นนายอำเภอ ได้ย้ายที่ตั้งที่ว่าการอำเภอจากบ้านฮางุส หมู่ที่ 1 ตำบลเบตง มาตั้งอยู่ที่บ้านกำปงมัสยิด หมู่ที่ 6 ตำบลเบตง พร้อมกับได้เปลี่ยนชื่อจาก "อำเภอยะรม" เป็น อำเภอเบตง ซึ่งเป็นภาษามาเลย์ มีความหมายว่า "ไม้ไผ่" (ที่ว่าการอำเภอหลังเก่าตั้งอยู่ใกล้กับสถานีตำรวจภูธรเบตงปัจจุบัน) และในปี พ.ศ. 2481 ได้ตั้งตำบลตาเนาะแมเราะ ปี พ.ศ. 2482 ได้ยุบตำบลฮาลาไปรวมกับตำบลอัยเยอร์เวง รวมทั้งได้ประกาศตั้งเทศบาลตำบลเบตงโดยครอบคลุมพื้นที่ตำบลเบตงทั้งหมด

ต่อมาเมื่อวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2527 กระทรวงมหาดไทยประกาศตั้งตำบลธารน้ำทิพย์ ทำให้อำเภอเบตงมีการปกครองรวม 5 ตำบล คือ ตำบลยะรม ตำบลอัยเยอร์เวง ตำบลตาเนาะแมเราะ และตำบลธารน้ำทิพย์จนถึงปัจจุบัน

ต่อมาได้ย้ายที่ตั้งที่ว่าการอำเภออีกครั้งหนึ่ง เมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2528 มาตั้งอยู่ที่ปัจจุบัน โดยมี ฯพณฯ นายกรัฐมนตรี พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ เป็นประธานเปิดอาคารหลังใหม่

อำเภอเบตงแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 5 ตำบล 27 หมู่บ้าน ได้แก่